À Besançon (latitude 47,24°N), les horaires de prière varient de façon significative selon les saisons, la ville étant encaissée entre les collines du Doubs. Le Fajr oscille entre 4h en été et 6h55 en hiver, le Maghrib entre 21h20 et 17h05. Les fidèles de Besançon, Montbéliard, Belfort et des communes de Franche-Comté consultent ces horaires calculés selon la méthode UOIF. La ville dispose de plusieurs lieux de culte pour sa communauté musulmane.
Besançon concentre une communauté musulmane avec plusieurs mosquées dans l'agglomération. La prière du vendredi rassemble chaque semaine de nombreux fidèles. La proximité de l'aéroport de Bâle-Mulhouse permet des départs vers la Omra. Omra Compare recense les agences agréées avec forfaits depuis Besançon et la région Bourgogne-Franche-Comté.