Les horaires de prière à Seyssel varient considérablement au fil des saisons en raison de sa latitude de 45,96°N. En été, l'aube (Fajr) survient vers 3h45-4h du matin, tandis que le coucher du soleil (Maghrib) intervient aux alentours de 21h45. En hiver, cette situation s'inverse radicalement : Fajr se situe vers 6h30 et Maghrib vers 17h. Ces variations importantes rendent indispensable la consultation d'un calendrier mensuel des horaires de prière spécifique à Seyssel. Les calculs sont effectués selon la méthode de l'UOIF (Union des Organisations Islamiques de France) et celle de la Grande Mosquée de Paris, qui tiennent compte de la position géographique exacte de la ville pour déterminer les cinq temps de prière quotidiens avec précision.
La mosquée de Seyssel accueille les fidèles pour l'ensemble des cinq prières quotidiennes, en particulier la prière du vendredi (Jumu'a) qui rassemble la communauté musulmane locale. L'organisation régulière des offices permet aux résidents de structurer leur journée selon les obligations religieuses. Chaque année, de nombreux fidèles de Seyssel envisagent d'accomplir la Omra, ce voyage spirituel vers la Mecque. Selon un hadith connu, accomplir la Omra à Al-Harâm équivaut à cent mille prières en comparaison avec d'autres lieux. Pour les résidents souhaitant partir, il est possible de consulter et comparer les différentes agences agréées proposant des séjours de la Omra, afin de choisir l'accompagnement adapté à leurs besoins.